Po ukončení fakulty nastoupil na renomované pracoviště Kliniky dětské onkologie FN Motol. V tomto období MUDr. Pavel Boček ošetřoval těžce nemocné děti, na oddělení ambulance či na transplantační jednotce. V roce 1998 se kvalifikoval pro stipendijní pobyt v USA, pořádaný americkou vládou – Fulbright Fellowship na University of Minnesota.
Na University of Minnesota se zabýval dále problematikou onkologickou, ale také pohotovostní medicinou a problematikou a novinkami v estetické a korektivní medicíny. Výrazně se angažoval také v otázkách správné, věcné a lidské komunikace s pacienty. V té době zahájil i svou širokou činnost na poli charitativním. Dodnes se aktivně věnuje Občanskému sdružení Sluneční paprsek, které se věnuje dětem s onkologickými či jiným závažnými onemocněními a dětem z dětských domovů, a pořádá pro ně ozdravné pobyty u nás i v zahraničí.
Po návratu do České republiky se MUDr. Boček vrátil do FN Motol, kde je uznávaným specialistou a odborníkem dodnes.
Souběžně také pracuje pro organizace, jež zastřešují nadstandardní zdravotnický servis pro zahraniční turisty, herce a významné osobnosti při návštěvě v České republice. MUDr. Pavel Boček tak ošetřoval také například Bruce Willise, Susan Sarandon či Heidi Klum, ale je také vyhledávaným odborníkem konzultantem estetické medicíny mezi předními českými podnikateli, politiky a známými českými osobnostmi.